Dom Justino José de Santana, primeiro bispo de Juiz de Fora, quis logo no início de seu ministério fundar um seminário. Seu firme propósito realizou-se em 1° de março de 1926, data em que começou a funcionar o Seminário Santo Antônio. Desde então, o Seminário formou o clero da Arquidiocese de Juiz de Fora e de diversas outras dioceses do Brasil.
Muitas pessoas ofereceram o melhor de si mesmas para que o Seminário crescesse e se adaptasse aos tempos chegando amadurecido aos dias de hoje. Em 1969, a Arquidiocese deu os primeiros passos para transformá-lo em Seminário Maior, criando o curso de Filosofia. A continuação dos estudos em Juiz de Fora e o acolhimento de seminaristas de outras dioceses marcaram este momento.
O ano de 1971 viu nascer o Curso de Teologia no Seminário de Juiz de Fora. Isto possibilitava aos seminaristas completar todo o percurso da formação presbiteral no mesmo Seminário Arquidiocesano Santo Antônio.
A década de 80 foi de grande riqueza para o Seminário. Dentre as conquistas desse tempo destacam-se a descoberta da pequena comunidade como lugar ideal da formação presbiteral; uma definição mais nítida entre a formação intelectual e as outras dimensões da formação trouxe enriquecimentos da ação pedagógica; a redefinição do papel do padre formador dos seminaristas; o eixo integrador da pastoral em todas as etapas da formação; a participação de psicólogos para a melhor formação humano-afetiva dos seminaristas; a importância singular da direção espiritual.
Desde a década de 90, o Seminário acolhe para o processo completo da formação presbiteral apenas os seminaristas da Arquidiocese de Juiz de Fora. Seminaristas de outras dioceses – especialmente de Leopoldina e de São João Del Rei – e de congregações são acolhidas apenas para as atividades acadêmicas, através dos Cursos de Filosofia e Teologia.
